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使用這些室溫DNA存儲(chǔ)解決方案釋放您的冰箱

這是一個(gè)與分子生物學(xué)本身一樣古老的格言:你不會(huì)將DNA存儲(chǔ)在工作臺(tái)上。DNA通常在-20°C,-80°C甚**液氮中冷凍保存,需要大量資金和經(jīng)常性成本以及空間 - 更不用說(shuō)冷凍機(jī)停機(jī)時(shí)的瘋狂爭(zhēng)奪。類似地,用冷卻塊或干冰運(yùn)輸冷凍DNA是昂貴的,可能需要特殊的文書(shū)工作和處理,并且如果有延遲則存在腐敗的風(fēng)險(xiǎn)。

但是有一種更溫暖,更簡(jiǎn)單的替代方案:用于在室溫下儲(chǔ)存和運(yùn)輸DNA的系統(tǒng)。在這里,我們探索您的選擇

Guelph大學(xué)安大略省生物多樣性研究所的**DNA科學(xué)家Natalia Ivanova指出,保存DNA而不凍結(jié)的一種方法是將其與某種纖維材料結(jié)合  。

例如,Whatman FTA卡采用涂層纖維素膜,DNA將纏繞在其中。起始樣品可以與血液,細(xì)菌培養(yǎng)物或純化的DNA一樣多樣化,化學(xué)涂層將溶解細(xì)胞并保護(hù)樣品DNA免受核酸酶和氧化,紫外線和微生物降解。根據(jù)現(xiàn)在擁有Whatman的GE Healthcare Life Sciences 的  產(chǎn)品文獻(xiàn)(PDF),“室溫下儲(chǔ)存在FTA卡上的基因組DNA數(shù)據(jù)顯示,血液樣本的DNA穩(wěn)定性超過(guò)20年。”

但伊萬(wàn)諾娃警告稱,“洗脫DNA并不容易”,需要一系列基于實(shí)驗(yàn)室的洗滌來(lái)清除污染物; 相反,沖頭通常取自FTA卡并直接用于下游應(yīng)用,例如PCR。

IntegenX的  GenPlates是每個(gè)孔中含有6mm FTA圓盤(pán)的微量滴定板; 它們具有各種配置,例如三個(gè)96孔區(qū)域,六個(gè)40阱區(qū)域和12個(gè)16阱區(qū)域。將樣品加入孔中并干燥后,用粘合劑蓋密封板以便儲(chǔ)存或運(yùn)輸。GenPlates可與市售液體處理器一起使用,以幫助實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化。

其他產(chǎn)品,如Macherey-Nagel的NucleoCard®,可以類似地用于裂解細(xì)胞和結(jié)合DNA。

Whatman**近推出了新系列的FTA Elute卡。在這里,與DNA保持與基質(zhì)結(jié)合的標(biāo)準(zhǔn)FTA卡形成對(duì)比,“FTA Elute的化學(xué)成分允許蛋白質(zhì)[例如,來(lái)自裂解細(xì)胞]保持與卡片基質(zhì)緊密結(jié)合,” 產(chǎn)品說(shuō)小冊(cè)子(PDF),“快速簡(jiǎn)便的洗脫步驟,包括水和熱,以獲得純化的單鏈DNA溶液。”

玻璃

鹽水蝦和緩步動(dòng)物等無(wú)水生物  可以通過(guò)保存其玻璃質(zhì)形式的DNA和其他生物分子(基本上是收縮包裹它們)而在長(zhǎng)達(dá)一個(gè)世紀(jì)的干旱中存活。在存在高濃度的二糖(例如海藻糖)的情況下,生物體能夠通過(guò)氫鍵可逆地穩(wěn)定這些極性分子。

海藻糖和聚合物聚乙烯醇(PVA)已成功用于法醫(yī)學(xué)和其他實(shí)驗(yàn)室科學(xué)中的核酸冷凍保存。伊萬(wàn)諾娃和瑪莎Kuzmina測(cè)試的這些DIY版本,和市售合成Biomatrica  DNAstable®產(chǎn)品,為他們的相對(duì)能力保護(hù)DNA四年[1]。他們發(fā)現(xiàn)DNAStable板上的存儲(chǔ)在室溫和56°C(模擬加速老化)提供了比DIY解決方案更好的保護(hù),但所有這些都足夠穩(wěn)定用于運(yùn)輸目的。

Biomatrica的DNAStable有多種形式,包括在管中加入干燥的DNA和加入DNA的96孔和384孔板,以及液體(DNAStable LD),可以添加到客戶選擇的實(shí)驗(yàn)室器具中的樣品中。將樣品在層流罩下或使用真空濃縮器干燥。Biomatrica營(yíng)銷(xiāo)**Michael Vengrow指出,不需要特殊設(shè)備來(lái)存放樣品。“但是,為了謹(jǐn)慎起見(jiàn),我們?yōu)楫a(chǎn)品提供保濕袋和一些干燥劑。”

IntegenX提供與Qiagen及其QIAsafe(2013年底停產(chǎn))類似的產(chǎn)品GenTegra DNA。對(duì)于DNAStable和GenTegra DNA,回收僅涉及重建樣品,通常在水中。補(bǔ)液后不需要進(jìn)行凈化或純化,**成分顯然不會(huì)影響下游應(yīng)用,如PCR,測(cè)序和微陣列,UCSF的Eunice Wan及其同事在2009年的一份出版物中寫(xiě)道[2]。然而,它們確實(shí)改變了A230 / 280的比例,可能是因?yàn)楫a(chǎn)品本身優(yōu)先在230nm處吸收。

Biomatrica**近推出了一種新產(chǎn)品DNAStable Plus,它可以使樣品在使用或干燥之前穩(wěn)定并以液體形式儲(chǔ)存長(zhǎng)達(dá)六個(gè)月,Vengrow指出。該公司還提供專為RNA配制的產(chǎn)品。

采樣

已知冷凍/解凍循環(huán)對(duì)DNA完整性具有有害影響,并且通常鼓勵(lì)研究人員通過(guò)以等分試樣制備樣品來(lái)**小化凍/融。

在室溫下干燥存儲(chǔ)在Whatman卡片上的DNA可以通過(guò)每次從卡上刷新來(lái)“重復(fù)使用”。類似地,可以對(duì)來(lái)自GenPlates的單個(gè)孔進(jìn)行取樣而不會(huì)干擾其他孔。

在化學(xué)保存的DNA的情況下,“你可以做多次水合/脫水。我們?yōu)槊糠N協(xié)議中有多少提供了建議,“Vengrow說(shuō)。以等分試樣存儲(chǔ)干燥的DNA可以緩解這個(gè)問(wèn)題,但是,Ivanova警告說(shuō),稀釋的樣品不能承受多次水合/脫水以及更濃縮的樣品。

底線

對(duì)于擁有過(guò)度擁擠的冰柜或博士后樣品檔案的實(shí)驗(yàn)室來(lái)說(shuō),室溫儲(chǔ)存系統(tǒng)似乎是一種受歡迎的緩解措施。但I(xiàn)vanova不建議您將所有現(xiàn)有樣品移**室溫儲(chǔ)存。數(shù)據(jù)并非完整。“對(duì)于真正的長(zhǎng)期存儲(chǔ),我仍然會(huì)選擇-80 [°C],”她說(shuō)。但對(duì)于沒(méi)有這種冰箱的實(shí)驗(yàn)室來(lái)說(shuō),“在干燥條件下儲(chǔ)存DNA可以在-20°C [℃]儲(chǔ)存時(shí)增加額外的安全性。”

參考

[1] Ivanova,NV,Kuzmina,ML,“室溫下干燥DNA儲(chǔ)存和運(yùn)輸?shù)膮f(xié)議”,Molecular Ecology Resources,13:890-8,2013。[PubMed ID:23789643 ]

[2] Wan,E,et al。,“Green technologies for room temperature nucleic acid storage,”Curr Issues Mol Biol,12:135-42,2009。[PubMed ID:19801719 ]